Mnogo je primjedbi na rad raznih tužiteljstava i sudova u Bosni i Hercegovini. Velike kritike zbog svoje netransparentnosti trpe i ove institucije kojima je sjedište u Mostaru, a često se sve dovodi i u kontekst političkog pogodovanja.
O ovome se govori i u izvještaju „Pravosuđe u BiH između potreba građana i politike: Zatvorenost, neefikasnost i nepovjerenje građana“ autora Ivane Korajlić i Denisa Džidića.

Transparentnost pravosudnih institucija

Kada je riječ o transparentnosti rada sudova na svojoj web stranici Kantonalni i Općinski sud u Mostaru nije objavio svoju organizacijsku šemu, kratke biografije rukovodilaca institucija i periodični izvještaj. Plan javnih nabavki nije dostupan, kao ni pozivi za javne nabavke niti budžet, ne postoji online kanal za pritužbe na rad njihovih zaposlenika.
Godišnji plan i izvještaji o aktivnostima rada se redovno objavljuju, a imena i pozicije sudija, kao i odluke o izboru ponuđača i kontakt podaci službenika za informiranje su javno dostupni. Postoji dio koji se odnosi na slobodan pristup informacijama, dostupni su odgovori na često postavljana pitanja, objavljuju se jasne upute za podnošenje pritužbi na rad sudija Uredu disciplinskog tužioca (UDT). Dostupni su i konkursi za zapošljavanje, raspored suđenja se objavljuje i ažurira svakodnevno, objavljuju se i kratke informacije o presudama.
Ni jedni ni drugi nisu dostavili medijima presude i fotografije optuženih na zahtjev, nisu dostavili odluke o određivanju ili ukidanju pritvora i mjere zabrane, zahtjeve za izdavanje naloga za hapšenje, odluke o odbijanju optužnice ili video snimke sa suđenja.
Na stranici Tužiteljstva HNŽ nema biografija tužitelja ili godišnjeg plana, a ne mogu se pronaći ni pozivi za javne nabavke niti izvještaj o budžetu. Objavljen je opis djelokruga rada ustanove, kao i godišnji izvještaji koji nisu ažurni. Dostupan je spisak tužitelja i plan javnih nabavki, objavljuju se odluke o izboru ponuđača i kontakt podaci službenika za informiranje.
Postoji poseban odjeljak koji se odnosi na slobodan pristup informacijama i odgovori na često postavljana pitanja, jasna uputstva za podnošenje pritužbi kao i konkursi za zapošljavanje. Tužiteljstvo objavljuje informacije o potvrđenim optužnicama u vidu priopćenja i informacija o predloženom pritvoru i drugim mjerama zabrane, ali medijima se ne dostavljaju optužnice i druge odluke i dokumenti.

Procesuiranje korupcije u HNŽ-u

Analizirajući rad Županijskog tužiteljstva Hercegovačko-neretvanske županije, na osnovu podataka VSTV-a za posljednje tri godine, primjetno je da se ukupan broj prijava slučajeva korupcije u tri godine povećao s 46 u 2020. godini na 75 u 2022. godini, što ukazuje na mogući porast svijesti građana o korupciji ili poboljšanu kulturu izvještavanja, navodi se u izvještaju Pravosuđe u BiH između potreba građana i politike: ''Zatvorenost, neefikasnost i nepovjerenje građana'' autora Ivane Korajlić i Denisa Džidića. 

Promjena kategorizacije predmeta
-U porastu je i broj riješenih prijava slučajeva korupcije, s 32 u 2020. godini na 51 u 2022. godini. Neriješene prijave također pokazuju tendenciju rasta, s 14 u 2020. godini na 24 u 2022. godini, što ukazuje na potrebu poboljšanja kapaciteta i unapređenje resursa za rješavanje ovih slučajeva. Broj naredbi o nesprovođenju istraga razlikuju se iz godine u godinu, s najvećim brojem u 2021. (29 naredbi) i smanjenjem na 19 u 2022. godini', navodi se u izvještaju.

Ipak, predstavnik Županijskog tužiteljstva Hercegovačko-neretvanske županije ističe da velike razlike u broju prijava ili predmeta statistički gledano mogu proizlaziti iz promjena oznaka i kategorizacije predmeta u odnosu na klasifikaciju kaznenog djela, odnosno smatra li se ona krivičnim djelom korupcije prema novoj definiciji i klasifikaciji VSTV-a.

Istaknuto je da Tužiteljstvo dobiva prijave i građana i NVO, te da četiri tužitelja rade na gospodarskom referatu.

Više predmeta nego što se doima u javnosti
Naglašeno je da ima mnogo više predmeta nego što se doima u javnosti, te da postoji pomak u spremnosti ljudi da svjedoče, gdje je posebno istaknuta korist od sporazuma o priznanju krivnje. Kada je riječ o istragama slučajeva korupcije, povećan je i ukupan broj pokrenutih istraga, s 21 u 2020. godini na 43 u 2022. godini.

Broj riješenih istraga je značajno povećan, s 5 u 2020. na 22 u 2021. godini, ali je smanjen na 19 u 2022. godini. Neriješene istrage fluktuiraju, s najvećim brojem 2020. godine (16 neriješenih) i 2022. godine (24 neriješene). Naredbe o nesprovođenju istraga također variraju, s najvećim brojem u 2021. godini (10 naredbi) i smanjenjem na 4 u 2022. godini.
Predstavnica SIPA-e, naglasila je da su u nekim predmetima, prijave npr. za izborne prevare, stigle tek 2023. godine iako su se desile u 2020. godini, što je posebno zabrinjavajuće.
Kada je riječ o visokoj korupciji, tu je, kao i od strane drugih predstavnika tužiteljstava iz drugih lokalnih zajednica, istaknuta njihova kompleksnost kao razlog višegodišnjih istraga i dugih procesa.

Potreban ''svjedok pokajnik''
Predstavnik Tužiteljstva je dodao da je za borbu protiv korupcije potreban institut 'svjedoka pokajnika', međutim to zahtijeva izmjene zakonskog okvira za koje ne postoji politička volja jer ''oni koji treba da donesu zakon, boje se tog zakona'', čime je ukazano na političku zarobljenost.

Također je istaknuto da bi omogućavanje svjedočenja za osobe koje su zaključile sporazum o priznanju krivice značajno pomoglo u daljem rasvjetljavanju koruptivnih mreža i utvrđivanja odgovornosti. Istaknuto je i da tužitelji koji odgovorno rade svoj posao često postaju mete pritisaka i progona, ali da u isto vrijeme pravosuđe ne čini dovoljno da odgovori na kritike javnosti, odnosno zahtjeve za rezultatima.

Predstavnici civilnog sektora i medija posebno su problematizirali nedostatak zaštite prijavitelja korupcije, što često rezultira prijetnjama i progonom novinara, aktivista i građana koji na nju ukazuju.