Čak 30 posto ukupne endemske flore na Balkanu sadržano je u flori Bosne i Hercegovine.

To je u poglavlju 'Biogeografija, biodiverzitet i zaštićena područja Federacije BiH' navedeno u pripremljenoj strategiji Federalne vlade odnosno resornog ministarstva o razvoju poljoprivrednog i ruralnog sektora u ovom entitetu do 2027. godine. 

U navedenom poglavlju o raznolikosti biodiverziteta, Ministarstvo poljoprivrede, vodoprivrede i šumarstva FBiH također navodi da je u Bosni i Hercegovini identifikovano više od 5.000 vrsta i podvrsta vaskularnih biljaka (biljne vrste s korijenom, stabljikom i lišem), više od 100 vrsta riba i više od 320 vrsta ptica i drugih elemenata biološke raznolikosti. 

Bogatstvo pejzažne raznolikosti ilustruju broj i vrste pejzaža identifikovanih u skladu s međunarodnim standardima: mediteranski, supra-mediteranski, mediteransko-planinski pejzaži, planinski, brdoviti, peripanonski i panonski.

Velika raznolikost genetskih resursa u BiH očituje se i u velikom broju izvornih životinjskih pasmina i biljnih vrsta.

U skladu s evropskom direktivom za uspostavu Evropske ekološke mreže, u Bosni i Hercegovini je u toku proces uspostave NATURA 2000, pri čemu su identifikovani, popisani i kartirani sva najznačajnija prirodna staništa te biljne i životinjske vrste koje treba zaštititi radi očuvanja nesumjnivo bogate biološke i georaznolikosti.

Bogata biološka i raznolikost krajolika Federacije BiH zahtijevala je uspostavu zaštićenih područja i drugih kategorija zaštite s ciljem osiguranja opstanka i zaštite staništa i vrsta.

Prema važećoj kategorizaciji Međunarodne unije za zaštitu prirode (IUCN), u BiH je zaštićeno 29 područja od kojih su dva stroga rezervata prirode,  četiri nacionalna parka, 16 spomenika prirode, pet parkova prirode – zaštićenih pejzaža i dva područja za upravljanje resursima – park šume na ukupnoj površini od 127.557,4 ha.

Od ukupne površine zaštićenih prirodnih područja prema IUCN kategorizaciji u BiH, 76,9 posto je na teritoriji Federacije BiH.

Na području Federacije BiH uspostavljena su i dva Ramsarska područja - Hutovo blato i Livanjsko polje (močvarna područja čiju zaštitu reguliše Ramsarska konvencija).

Veliki je broj visokovrijednih prirodnih područja koja su planskim dokumentima federalnog, kantonalnog i općinskog nivoa predviđena za buduću zaštitu.

Dokumentacijom na entitetskom nivou, planirana je zaštita oko 17 posto ukupne površine Federacije BiH, navedeno je također u dokumentu upućenom iz Vlade u Federalni parlament.